Будучи одним из зачинателей и организаторов востоковедной науки в Бурятии, что требовало большой отдачи душевной энергии и времени, Р. Е. Пубаев значительное внимание уделял редакторской работе. Под его редакцией вышли такие известные труды бурятских ученых, как «Описание сочинений Гупчен Чжамьян Шадпа Дордже» П. И. Хадалова, Б. Д. Дандарона и Л. Ж. Ямпилова (Улан-Удэ, 1962), «Об основах транскрипции и транслитерации тибетского языка» Б.-Д. Б. Бадараева (Улан- Удэ, 1967), «Обычное право хоринских бурят», «Обычное право селен- гинских бурят» Б. Д. Цибикова (Улан-Удэ, 1966, 1970), «Зерцало мудрости: памятник бурятской литературы» Ц.-А. Н. Дутарнимаева (Улан-Удэ, 1966), коллективная монография «Очерки истории культуры МНР» (Улан-Удэ, 1971), «Абхидхармакоша» в переводе Б. В. Ссмичова и М. Г. Брянского (Улан-Удэ, 1980), «Очерки тибетской медицины» Э. Г. Базароиа (Улан-Удэ, 1984), коллективная монография «Введение в изучение Ганчжура и Данчжура. Историко-библиографический очерк» (Новосибирск, 1989), «Чжудши» - памятник средневековой тибетской медицины» в переводе Д. Б. Дашиева (Новосибирск, 1989), «Избранные труды» Г. Ц. Цыбикова (Новосибирск, 1991), коллективный труд ученых Москвы, Бурятии, прибалтийских стран «Атлас тибетской медицины» (Р. Е. Пубаев - ответ, редактор статей бурятских ученых) (М., 1994), а также рад академических востоковедных сборников, вышедших в Сибирском отделении издательства «Наука».