В 1880 году Н. В. Склифосовский был единогласно выбран руководителем кафедры факультетской хирургической клиники медицинского факультета Московского университета. Этой клиникой Н. В. Склифосовский заведовал 14 лет. В 1893 году он был назначен директором Института усовершенствования врачей, где работал до 1900 года.