Когда в России обсуждался вопрос о наказаниях учеников и Н. И. Пирогов согласился с применением розог, по его адресу разразилась буря общественного негодования. Тяжело переживая это, Н. И. Пирогов подал в отставку и в 1861 году уехал в свое имение Вишня Подольской губернии. Здесь он пробыл не более года. В 1862 году он выехал за границу в качестве руководителя группы молодых русских ученых, готовящихся к профессорскому званию. На этом поприще Н. И. Пирогов также проявил себя как вдумчивый и чуткий педагог, и много молодых русских юношей, отправлявшихся за ученой квалификацией за границу, обязаны ему своими удачами. В частности, Н. И. Пирогов первый увидел в И. И. Мечникове его исключительную одаренность и оказал ему необходимую помощь во время пребывания за границей.