Н. И. Пирогову был предложен пост попечителя Одесского учебного округа. Это административное повышение заставило распроститься еще молодого талантливого профессора и ученого с Медико – хирургической академией. Через некоторое время Н. И. Пирогов был переведен на должность попечителя Киевского учебного округа. Здесь он пробыл три года.