В 1835 году по окончании командировки Н. И. Пирогов направился в Москву, где должен был занять кафедру в Московском университете. Но в Москве кафедра хирургии была предоставлена его товарищу по работе в Дерпте – Иноземцеву. Н. И. Пирогов, тяжело переживая этот отказ, вернулся в Дерпт. В Дерпте он с блеском проявил свое изумительное мастерство хирурга, всех удивляя своими смелыми операциями. Слава Н. И. Пирогова как «чудесного доктора» росла. Клиника была переполнена ожидавшими его лечения. Недавний студент становится руководителем хирургии в Дерптском университете. После прочтения пробной лекции в Академии наук (1836) Н. И. Пирогов был утвержден профессором.