В 1864 году Академия наук, празднуя пятидесятилетний юбилей его научной деятельности, преподнесла ему большую медаль и учредила Бэровские премии за выдающиеся заслуги в области естественных наук.

До последнего дня К. М. Бэр интересовался наукой, хотя глаза его так ослабели, что он вынужден был прибегать к помощи чтеца и писца. Умер Карл Максимович Бэр 28 ноября 1876 года тихо, точно уснув. Ровно через 10 лет, 28 ноября 1886 года, граждане города, в котором родился, учился, жил и умер великий ученый, воздвигли ему памятник работы академика Опекушина, копия которого находится в бывшем здании Академии наук в Петербурге.