В последующие годы К. М. Бэр совершил десятки путешествий и экспедиций не только «по градам и весям» России, но и за границу. Вот далеко не полный перечень главнейших из этих путешествий. В 1839 году вместе с сыном он совершил экспедицию на острова Финского залива, а в 1840 году в Лапландию. В 1845 году совершает поездку на Средиземное море. За промежуток 1851–1857 годов предпринял ряд экспедиций на Чудское озеро и Балтику, в дельту Волги и на Каспий с целью изучения состояния рыболовства в этих районах. В 1858 году К. М. Бэр вновь ездил за границу на съезд естествоиспытателей и врачей. В последующие годы (1859 и 1861) он вновь путешествует по Европе.