Вскоре он получил предложение от Российской академии наук приехать на работу в Петербург, однако полнейшая неустроенность академических учреждений того времени не позволила ему сразу принять это предложение, и он временно возвращается в Кенигсберг, где ведет, по его же выражению, жизнь «рака – отшельника», погрузившись всецело в науку. Напряженные многолетние занятия сильно подорвали его здоровье. Прусское министерство народного просвещения придиралось к нему буквально по каждому поводу. Министр фон Альтенштейн официально попрекал его тем, что его научные исследования обходятся дорого, так как К. М. Бэр израсходовал на свои бессмертные исследования по истории развития цыпленка… 2000 яиц. Конфликты с власть предержащими росли. К. М. Бэр запросил Петербург о возможности его приезда на работу в Академию наук и в ответ на это в 1834 году избирается ее членом. В том же году он с семьей покидает Кенигсберг. Как он сам писал, «решив променять Пруссию на Россию, был одушевлен только желанием принести пользу своей родине».