В 1807 году отец отвез сына в дворянскую школу в Ревеле, и того после испытаний приняли сразу в высший класс. Прекрасно успевая в учении, юноша увлекался экскурсиями, составлением гербариев и коллекций.

В 1810 году К. М. Бэр поступил на медицинский факультет Дерптского университета, готовясь к карьере врача. Пребывание в университете было прервано в 1812 году вторжением Наполеона в Россию. К. М. Бэр отправился в русскую армию в качестве врача, но вскоре заболел тифом. Когда армия Наполеона была изгнана из пределов России, К. М. Бэр вернулся в Дерпт продолжать учение.