Его родители, числимые дворянами, были выходцами из мещанской среды. Раннее детство К. М. Бэр провел в имении своего бездетного дяди, где он был предоставлен сам себе. До 8 лет он не был знаком даже с азбукой. Когда ему исполнилось восемь лет, отец забрал его в свою семью, где он в течение трех недель догнал своих сестер по чтению, письму и арифметике. К 10 годам под руководством гувернера он освоил планиметрию и научился составлять топографические карты. В 12 лет он умел пользоваться определителем растений и приобрел солидные навыки в искусстве составления гербария.