К сожалению, дело с перевозкой и передачей коллекций затянулось на четыре года. Война, начавшаяся в 1914 году, помешала работе В. П. Амалицкого. Раскопки и научная обработка коллекций остановились. В. П. Амалицкий должен был заняться эвакуацией из Варшавы на восток своей лаборатории с коллекциями. Он пробовал развернуть Варшавский политехнический институт в Москве, но потерпел неудачу. Тогда он переехал с институтом и со всеми своими коллекциями в Нижний Новгород, где попытался в 1916 году наладить научную и педагогическую работу. Однако В. П. Амалицкий тяжело заболел и был направлен для лечения в Кисловодск. Состояние больного все ухудшалось. 28 декабря 1917 года Владимир Прохорович Амалицкий умер в Кисловодске в возрасте 57 лет.