В. П. Амалицкий родился 13 июля 1860 года в селении Старики Волынской губернии. Отец В. П. Амалицкого умер рано, когда мальчику было всего 3 года, и мать его после смерти мужа осталась почти без средств к существованию. Её брат, петербургский врач Полубинский, помогал ей воспитывать маленького Владимира. Мальчик был перевезен в Петербург в семью дяди и поступил в гимназию.