В преподавании химии В. В. Марковников поставил на первый план самостоятельную работу студента и молодого научного работника.

Систему своих педагогических приемов В. В. Марковников нередко выражал в таких афоризмах: «Никогда не следует таскать в рот жареных голубей» или: «Следует пускать студента на глубокое место: кто выплывает, значит, будет толк». Молодые научные работники – студенты должны были самостоятельно разбираться в иностранных химических журналах и принимать решения при выполнении тех или иных заданий. Эти нововведения не замедлили скоро сказаться самым положительным образом. В лаборатории В. В. Марковникова появилось много молодых людей, жаждущих работать по химии. Лаборатория В. В. Марковникова была первой русской лабораторией, открывшей свои двери женщинам.