В течение 1871–1873 годов В. В. Марковников работал в Новороссийском университете, а затем после долгих колебаний принял предложение перейти в Москву.

Причина колебаний В. В. Марковникова была понятна: в Одессе он имел прекрасно устроенную лабораторию, в то время как в Московском университете имелась лишь старая химическая лаборатория, построенная еще в 1838 году. В. В. Марковников предвидел, что придется немало потрудиться для приведения лаборатории в состояние, пригодное для осуществления его обширных научных замыслов. Он полагал, что для правильной постановки преподавания и научных исследований в Московском университете наиболее целесообразным выходом являлась постройка нового здания химической лаборатории. Однако прошло почти пятнадцать лет, прежде чем это осуществилось. Открытие новой химической лаборатории состоялось 14 сентября 1887 года. С переходом в Москву В. В. Марковников вдохнул новую жизнь как в дело преподавания химии в Московском университете, так в особенности и в дело организации научных исследований.