В 1862 году, ввиду болезни А. М. Бутлерова, В. В. Марковникову было поручено чтение неорганической, а в следующем году и аналитической химии. Уже в 1863 году В. В. Марковников сдал экзамен на магистра химии, а через два года представил и блестяще защитил магистерскую диссертацию.