В 1911 году в знак протеста против действий министра просвещения П. Н. Лебедев подал в отставку, и вместе с ним из университета ушли его сотрудники, работавшие в его лаборатории. Было разрушено громадное дело. П. Н. Лебедевым тотчас же были получены приглашения от заграничных научных учреждений. В частности, директор физико – химической лаборатории Нобелевского института в Стокгольме профессор Аррениус писал ему: «Естественно, что для Нобелевского института было бы большой честью, если бы Вы пожелали там устроиться и работать, и мы, без сомнения, предоставили бы Вам все необходимые средства, чтобы Вы имели возможность дальше работать… Вы, разумеется, получили бы совершенно свободное положение, как это соответствует Вашему рангу в науке». Но П. Н. Лебедев отказался от всех этих предложений. Он остался на Родине и в крайне тяжелых условиях на частные средства, пользуясь общественной помощью, организовал новую физическую лабораторию. В Мертвом переулке в Москве был снят подвал, где в 1911 году в нескольких комнатах расположилась его лаборатория. Здесь он закончил свою последнюю экспериментальную работу.