Научные заслуги Николая Егоровича отмечены были в 1894 году избранием его в члены – корреспонденты Академии наук, В 1900 году Н. Е. Жуковский был выдвинут кандидатом в действительные члены академии. По условиям того времени выборы в действительные члены академии требовали переезда в Петербург. Не желая покидать Москву где он был научным руководителем и признанным главой школы механиков, Николай Егорович снял свою кандидатуру.