Уверенный в том, что его идеи и реформы уже прочно утвердились в Пулковской обсерватории, Ф. А. Бредихин в начале 1895 года оставил пост ее директора и переехал в Петербург.
Фотографические наблюдения комет, начавшиеся в конце XIX века, доставили ему новый материал, подтверждавший его теорию кометных форм. Он продолжает исследования метеоров. Из-под его пера выходят одна за другой научные статьи, которые печатаются преимущественно в изданиях Академии наук – учреждения, в котором он был одним из наиболее деятельных членов (общее число научных статей, напечатанных Ф. А. Бредихиным, превышает 150).