В Финском заливе «Ермак» спас от гибели броненосец «Генерал – адмирал Апраксин», севший на мель близ острова Гогланд и скованный льдами. Во время спасательных работ на «Ермаке» впервые применялся радиотелеграф, изобретенный А. С. Поповым. Дважды ходил С. О. Макаров на «Ермаке» в большие плавания по Северному Ледовитому океану. Здесь, на ледоколе, так же как и в свое время на «Витязе», все было тщательно приспособлено для большой исследовательской работы. Этот корабль, построенный по указаниям С. О. Макарова, воплотил в себе макаровский стиль и, в частности, ту простоту и целесообразность всех деталей, на которой категорически настаивал Степан Осипович в своих работах. На «Ермаке» на каждом шагу видны новые приспособления, тщательно продуманные и испытанные С. О. Макаровым. Применены тут и цистерны, успокаивающие боковую качку, и вспомогательные паровые машинки, и специальная аппаратура для океанографических работ, например самопишущий термометр, приспособленный для непрерывной регистрации температуры поверхностной морской воды; этот прибор был сконструирован С. О. Макаровым еще на «Витязе» и затем построен по его указаниям известным французским конструктором Ришаром. К привычным исследованиям, которые проводил С. О. Макаров на «Витязе», на «Ермаке», добавились исследования льдов.