Знаменитый старец умер в полной нищете. Имущество его расхватали ростовщики, от которых он так и не мог освободиться до конца жизни.
На могиле великого сына Русской земли была поставлена надгробная плита. В центре ее высечен книжный знак печатника. Кругом надпись: «Иоан Федорович, друкарь Москвитин, который своим тизанием друкование занедбалое обновил, преставился во Львове року 1583 декабря 6».