В. В. Докучаев родился 1 марта 1846 года в селе Милюкове Сычевского уезда Смоленской губернии в семье сельского священника. Учился сначала в Вяземском духовном училище, а потом в Смоленской духовной семинарии. Из семинарии В. В. Докучаев был направлен в Петербургскую духовную академию. Но уже через год, в 1866 году, он перешел в университет на физико – математический факультет.